Beberapa ahli tidak memasukkan vakuola sebagai organel sel. Benda ini dapat dilihat dengan mikroskop cahaya biasa. Vakuola adalah organel sitoplasma yang berisi cairan yang dibatasi oleh suatu membran atau selaput. Selaput itu menjadi pembatas antara vakuola dengan sitoplasma, disebut tonoplas.

Vakuola berisi:
• gas,
• asam amino,
• garam-garam organik,
• glikosida,
• tanin (zat penyamak),
• minyak eteris (misalnya jasmine pada melati, roseine pada mawar zingiberine pada jahe),
• alkaloid (misalnya kafein pada biji kopi, kinin pada kulit kina, nikotin pada daun tembakau, tein pada daun teh, teobromin pada buah atau biji coklat, solanin pada umbi kentang, likopersin dan lain-lain),
• enzim,
• butir-butir pati.

Vakuola besar sel tumbuhan berkembang dengan adanya penggabungan dari vakuola-vakuola yang lebih kecil, yang diambil dari retikulum endoplasma dan aparatus golgi. Melalui hubungan ini, vakuola merupakan bagian terpadu dari sistem endomembran.

Pada beberapa spesies dikenal adanya vakuola kontraktil dan vakuola non kontraktil. Protista mirip hewan (protozoa), memiliki vakuola kontraktil atau vakuola berdenyut yang menetap. Vakuola kontraktil berfungsi sebagai osmoregulator, yaitu pengatur nilai osmotik sel atau ekskresi. Vakuola non kontraktil atau vakuola makanan berfungsi mencerna makanan dan mengedarkan hasil pencernaan.